총목록을 보면 16권 8책에서 끝나고, 다시 권17부터 권20까지는 9책과 10책에 들어 있다. 권17 이하는 모두 간독(簡牘:편지)인 것으로 보아, 권16까지 먼저 원집(原集)으로 출간하고 그 뒤에 수집된 편지들을 모아 권17 이하의 속집(續集)로 간행한 것이 아닌가 추정된다. 제1책에 총목록이 있고 다시 각권 머리에 목록이 실려 있다. 권1∼4는 시, 권5는 소차(疏箚), 권6은 소차, 계사(啓辭), 공함(公緘), 권7은 편지, 변론(辨論), 서문, 권8은 서문, 기문(記文), 제발(題跋), 제문, 잡저, 권9, 10은 지명(誌銘), 권11, 12는 비명(碑銘), 권13은 갈명(碣銘), 권14는 갈명, 묘표, 권15는 시장(諡狀), 행장, 권16은 행장, 유사(遺事), 권17∼20은 편지이다. 1979년 태학사(太學社)에서 『서계전서(西溪全書)』의 영인본을 발간했는데, 거기에는 「계자손문(戒子孫文)」「문인록(門人錄)」「신도비명」이 추가되었다. 문집에 수록된 『사변록(思辨錄)』은 그의 대표적 저서로서 박세당의 학문의 참모습을 드러낼 뿐 아니라, 당시 ‘사문난적(斯文亂賊)’의 학문적 풍파를 일으킨 글이다. 『사변록』은 일명 ‘통설(通說)’이라고도 일컬어지는데, 그가 석천동(石泉洞)에 은거해 고전 연구에 몰두한 결과로 나온 것이다. 한편 『신주도덕경(新注道德經)』과 『남화경주해산보(南華經注解刪補)』에서는 그가 유학자이면서도 불교는 물론 도가사상까지 연구했다는 것을 알 수 있다. 여기에 수록된 글들은 『사변록』의 저작과 때를 같이 해 이룩되었으며, 이 분야가 당시 유학자들이 기피하던 이른 바 이단적 학문이었으므로, 상당히 많은 비난을 받았음에도 도불사상(道佛思想)에 대해 개방적 태도를 취하려던 그의 의지는 확고하였다. 『색경(穡經)』은 그가 편찬한 농서이다. 그에 의하면, 비각도서(煉閣圖書)를 열람하던 중 『색경』의 대본이 되는 농서를 발견하고, 너무 번거롭다고 생각되는 것은 생략하고 중복되는 부분은 제거해 읽기 편하도록 약술한 것이다. 끝으로 「계미록(癸未錄)」과 「갑신록(甲申錄)」은 박세당의 저술이 아니고 타인의 기록들을 모은 자료집이다. 이 자료들은 『사변록』이 문제시되면서 그를 비방하고 혹은 옹호하는 내용의 글들을 모은 것이다