목록을 보면, 1책에 『대학』, 2책에 『중용』, 3책에 『논어』, 4, 5책에 『맹자』, 6∼9책에 『상서』, 10∼14책에 『시경』 등에 관한 내용이 수록되어 있다. 이 중에서 박세당이 가장 주력한 것은 사서에 관한 주석이었다. 특히, 『대학』과 『중용』에 더욱 역점을 두었다. 그는 당시 사서의 주석으로는 배타적인 권위를 지니고 있던 주자의 설을 비판하는 동시에 독자적인 해석을 가한 것이 많다. 이렇듯 박세당은 주자의 사서 해석에 반기를 들고 자기 식의 해석을 했기 때문에 당시 정계, 학계에 큰 물의를 일으키면서 ‘사문난적(斯文亂賊)’이라는 낙인이 찍히기도 하였다. 주요 내용을 간추려보면 다음과 같다. 첫째, 『대학』은 3강령 8조목이 아니고 2강령 8조목이 되어야 한다고 하였다. 주자는 ‘명덕을 밝히는 것(명명덕, 明明德)’, ‘백성을 새롭게 하는 것(신민, 新民)’, ‘지극한 선에 그치는 것(지어지선, 止於至善)’을 3강령으로 보았다. 이에 반해 박세당은 명덕을 밝히는 조목이 다섯이 있고(격물, 치지, 성의, 정심, 수신), 백성을 새롭게 하는 조목이 셋이 있는데(제가, 치국, 평천하), 지극한 선에 그치는 조목은 보이지 않으므로 이로써 『대학』의 강령이 두개뿐인 것을 알 수 있다고 하였다. 지극한 선에 그치는 것은 곧 명덕을 밝히고 백성을 새롭게 하는 효과를 보여주는 것이기 때문에 이것을 하나의 강령으로 이해할 수는 없다는 것이다. 둘째, ‘사물에는 근본과 말단이 있고(물유본말, 物有本末)’, ‘일에는 시초와 종말이 있다(사유종시?事有終始)’는 구절에 대해서도 주자와 견해를 보였다. 주자는 명덕을 밝히는 것이 근본이고, 백성을 새롭게 하는 것이 말단이며, 그칠 데를 아는 것(知止)이 시초이고, 얻을 수 있는 것(능득, 能得)이 종말이라고 보았다. 반면 박세당은 물(物)이라는 것은 8조목에서 천하(天下), 나라[國], 가정[家], 몸[身], 마음[心], 뜻[意], 앎[知], 물(物)을 가리키는 것이고, 일[事]이라는 것은 평(平), 치(治), 제(齊), 수(修), 정(正), 성(誠), 치(致), 격(格)을 말하는 것이라 하였다. 셋째, 격물(格物)의 주석에 대해서도 주자와는 다른 견해를 취하였다. 주자는 『대학장구』의 격물에 대한 주석에서 격(格)은 이르는 것이요(至也), 물(物)은 일[事]과 같으므로 사물의 이(理)를 궁지(窮至)하는 것이 격물(格物)이라 하였다. 반면 박세당은 주자의 격물에 대한 주석은 온당하지 못하다고 비판하였다. 그에 의하면, 격(格)을 지(至)로 해석하고 물(物)을 사(事)로 해석한다면, 격물은 결국 지물(至物)이라는 뜻이 되기 때문에 말이 안 된다. 만약 이것을 고쳐 지사(至事)라고 해도 이치가 또한 나타나지 않기 때문에 결국 맞는다고 볼 수 없다는 것이다. 또한 주자는 궁(窮)자 하나를 더 보태어 그 말을 끌어 붙였으나, 격(格)자에는 궁구해 이른다(窮至)는 뜻이 있다고 볼 수 없다. 물과 일은 당연히 분별해야 할 것이요, 서로 혼돈할 수 없는 것이라고 주장하였다. 예컨대, 천하와 국가는 물이므로 일이 될 수 없으며, 평(平), 치(治), 제(齊)는 일이기 때문에 물이 될 수 없다는 논리이다. 따라서 격(格)은 법칙[則]이며 바로잡는 것[正]이라 해석하였다. 물이 있으면 반드시 법칙이 있는 것인데, 물의 격이 있다는 것은 그 법칙을 구하여 바른 것을 얻도록 하는 것이라 하였다. 넷째, 박세당은 주자의 물격(物格)과 지지(知至)의 주석이 부당하다고 지적하였다. 주자는 『대학장구』의 ‘물격(物格)’에 대한 주석에서 “물격이란 물리(物理)의 극처(極處)가 이르지 않음이 없는 것”이라 했다. 또한 같은 곳의 ‘지지(知至)’에 대한 주석에서도 “지지란 내 마음의 아는 바가 다하지 않음이 없는 것”이라 하고, “앎을 이미 다하면 뜻이 성실해질 수 있는 것”이라 하였다. 이 점에 대해 박세당은 성(誠)이란 사람의 본성[性]을 다하고 사물의 본성을 다해 (천지의) 조화를 도와 천지와 같은 위치에 참여하는 것인데, 이것은 어디까지나 성인의 지극한 공과(功果)요, 학문의 할 일을 다 마친 것이다. 그런데 어떻게 처음 덕에 들어가는 초학자에게 성인의 지극한 공과를 갑자기 요구할 수 있겠느냐고 반박하였다. 즉 처음 배우는 이들을 가르치는 데에 있어서 처음부터 친극하고 자리에 꼭 들어맞게 하여 이해하기 쉽도록 해야 할 터인데, 천하의 만물을 다 끝까지 연구한 후에 뜻이 성실해진다고 하는 것은 온당치 못하다고 비판하였던 것이다. 『중용』의 주석에서도 첫 장의 “하늘이 명(命)한 것을 본성[性]이라고 한다”는 부분에서 주자가 명(命)을 영(令:명령)이라고 풀이한 반면, 박세당은 ‘주는 것[수여, 授與]’라고 해석하였다. 영(令)으로 해석하면 뜻이 분명하게 나타나지 않는다는 것이다. 또한 주자는 성(性)을 이(理)라고 했는데[성즉리(性卽理)], 박세당은 성과 이가 다르다고 하였다. 이(理)가 마음에 밝은 것이 성(性)이 되므로, 하늘에서는 이(理)라 하고, 사람에서는 성(性)이라는 것이니 명칭을 문란하게 할 수 없다는 지적이다. 주자는 주(註)에서 “사람과 사물이 각각 그 자연스러운 본성[性]을 따르는 것이 도(道)가 된다”고 하였다. 하지만 박세당은 사람은 말하였으나 사물은 언급하지 않았다. 『중용』의 글은 사람을 가르치기 위한 것이요, 물을 가르치기 위한 것이다. 따라서 사람은 가르칠 수 있으나 사물은 가르칠 수 없고, 사람은 도(道)를 알 수 있으나 사물은 도를 알 수 없다고 생각했기 때문이다. 이 밖에 비은(費隱), 격치(格致), 인물성(人物性) 등에 대해서도 주자의 주석을 논리적으로 조목조목 비판하였다. 이러한 관점에서 볼 때 박세당은 비판형식은 귀납적이고 고증학적이며, 당시 성리학적 분위기에서 탈출해 실사구시(實事求是)의 학문을 지향하고 있음을 알 수 있다.